Игра начинается с первого сезона, уже после событий метеоритного дождя и когда Кларк и его друзья повзрослели и ходят в старшую школу. Уитни Фордман уехал в другой штат, так как его родители получили более оплачиваемую работу. Кларк рассказывает Лане свой секрет, и через некоторое время они сближаются. Кларк часто пропадает на ферме, помогая родителям, учится в школе и гуляет со своими друзьями. Через неделю после сближения с Ланой, Кларк рассказал свой секрет Питу и Хлое. Они были ошеломлены, и на некоторое время держали себя более сковано с Кларком, но всвкоре поняли его и приняли таким, какой он есть. Кларку стало легче от того, что теперь все его близкие знали его секрет и от них не нужно было ничего скрывать. Из-за воздействия метеоритов, упавших во время метеоритного дождя, в Смолвиле начали появляться фрики- зараженные метеоритом люди, которые получили необычные способности. Некоторые из них считают свои способности даром и помогают другим, другие же наоборот, либо считают его проклятьем, либо используют свою силу во вред другим людям. Кларк старается останавливать их, но их становиться все больше. Пойманных фриков отправляют в только что построенную психиатрическую лечебницу «Белль Рив».